"if (a->keepnonzeropattern)" branch does not change ilen so that A->ops->assemblyend will be fine. It would help if you made sure that elements have been inserted for these rows before you call MatZeroRows.

However, I am not sure it is necessary to call  A->ops->assemblyend if we already require a->keepnonzeropattern. That being said, we might have something like this

diff --git a/src/mat/impls/aij/seq/aij.c b/src/mat/impls/aij/seq/aij.c

index 42c93a82b1..3f20a599d6 100644

--- a/src/mat/impls/aij/seq/aij.c

+++ b/src/mat/impls/aij/seq/aij.c

@@ -2203,7 +2203,9 @@ PetscErrorCode MatZeroRows_SeqAIJ(Mat A,PetscInt N,const PetscInt rows[],PetscSc

 #if defined(PETSC_HAVE_DEVICE)

   if (A->offloadmask != PETSC_OFFLOAD_UNALLOCATED) A->offloadmask = PETSC_OFFLOAD_CPU;

 #endif

-  ierr = (*A->ops->assemblyend)(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);

+  if (!a->keepnonzeropattern) {

+    ierr = (*A->ops->assemblyend)(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);

+  }

   PetscFunctionReturn(0);

 }

Fande

On Thu, Jul 15, 2021 at 9:30 AM Stefano Zampini <stefano.zampini@gmail.com> wrote:

Alexander

Do you have a small code to reproduce the issue?

Below is the output using a PETSc example (src/mat/tests/ex11). The pattern is kept. 

kl-18448:tests szampini$ ./ex11 

Mat Object: 1 MPI processes

  type: seqaij

row 0: (0, 5.) 

row 1: (0, -1.)  (1, 4.)  (2, -1.)  (6, -1.) 

row 2: (2, 5.) 

row 3: (2, -1.)  (3, 4.)  (4, -1.)  (8, -1.) 

row 4: (4, 5.) 

row 5: (0, -1.)  (5, 4.)  (6, -1.)  (10, -1.) 

row 6: (6, 5.) 

row 7: (2, -1.)  (6, -1.)  (7, 4.)  (8, -1.)  (12, -1.) 

row 8: (8, 5.) 

row 9: (4, -1.)  (8, -1.)  (9, 4.)  (14, -1.) 

row 10: (10, 5.) 

row 11: (6, -1.)  (10, -1.)  (11, 4.)  (12, -1.)  (16, -1.) 

row 12: (12, 5.) 

row 13: (8, -1.)  (12, -1.)  (13, 4.)  (14, -1.)  (18, -1.) 

row 14: (14, 5.) 

row 15: (10, -1.)  (15, 4.)  (16, -1.)  (20, -1.) 

row 16: (16, 5.) 

row 17: (12, -1.)  (16, -1.)  (17, 4.)  (18, -1.)  (22, -1.) 

row 18: (18, 5.) 

row 19: (14, -1.)  (18, -1.)  (19, 4.)  (24, -1.) 

row 20: (20, 5.) 

row 21: (16, -1.)  (20, -1.)  (21, 4.)  (22, -1.) 

row 22: (22, 5.) 

row 23: (18, -1.)  (22, -1.)  (23, 4.)  (24, -1.) 

row 24: (19, -1.)  (23, -1.)  (24, 4.) 

kl-18448:tests szampini$ ./ex11 -keep_nonzero_pattern

Mat Object: 1 MPI processes

  type: seqaij

row 0: (0, 5.)  (1, 0.)  (5, 0.) 

row 1: (0, -1.)  (1, 4.)  (2, -1.)  (6, -1.) 

row 2: (1, 0.)  (2, 5.)  (3, 0.)  (7, 0.) 

row 3: (2, -1.)  (3, 4.)  (4, -1.)  (8, -1.) 

row 4: (3, 0.)  (4, 5.)  (9, 0.) 

row 5: (0, -1.)  (5, 4.)  (6, -1.)  (10, -1.) 

row 6: (1, 0.)  (5, 0.)  (6, 5.)  (7, 0.)  (11, 0.) 

row 7: (2, -1.)  (6, -1.)  (7, 4.)  (8, -1.)  (12, -1.) 

row 8: (3, 0.)  (7, 0.)  (8, 5.)  (9, 0.)  (13, 0.) 

row 9: (4, -1.)  (8, -1.)  (9, 4.)  (14, -1.) 

row 10: (5, 0.)  (10, 5.)  (11, 0.)  (15, 0.) 

row 11: (6, -1.)  (10, -1.)  (11, 4.)  (12, -1.)  (16, -1.) 

row 12: (7, 0.)  (11, 0.)  (12, 5.)  (13, 0.)  (17, 0.) 

row 13: (8, -1.)  (12, -1.)  (13, 4.)  (14, -1.)  (18, -1.) 

row 14: (9, 0.)  (13, 0.)  (14, 5.)  (19, 0.) 

row 15: (10, -1.)  (15, 4.)  (16, -1.)  (20, -1.) 

row 16: (11, 0.)  (15, 0.)  (16, 5.)  (17, 0.)  (21, 0.) 

row 17: (12, -1.)  (16, -1.)  (17, 4.)  (18, -1.)  (22, -1.) 

row 18: (13, 0.)  (17, 0.)  (18, 5.)  (19, 0.)  (23, 0.) 

row 19: (14, -1.)  (18, -1.)  (19, 4.)  (24, -1.) 

row 20: (15, 0.)  (20, 5.)  (21, 0.) 

row 21: (16, -1.)  (20, -1.)  (21, 4.)  (22, -1.) 

row 22: (17, 0.)  (21, 0.)  (22, 5.)  (23, 0.) 

row 23: (18, -1.)  (22, -1.)  (23, 4.)  (24, -1.) 

row 24: (19, -1.)  (23, -1.)  (24, 4.)

On Jul 15, 2021, at 4:41 PM, Alexander Lindsay <alexlindsay239@gmail.com> wrote:

My interpretation of the documentation page of MatZeroRows is that if I've set MAT_KEEP_NONZERO_PATTERN to true, then my sparsity pattern shouldn't be changed by a call to it, e.g. a->imax should not change. However, at least for sequential matrices, MatAssemblyEnd is called with MAT_FINAL_ASSEMBLY at the end of MatZeroRows_SeqAIJ and that does indeed change my sparsity pattern. Is my interpretation of the documentation page wrong?

Alex